生信專用服務器

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產品簡介

百邁客生信專用服務器可以提供從工作站到機架式服務器的各種硬件配置,且可以根據您的計算類型,合理配置CPU數目和內存大小,實現硬件資源的最優組合。

百邁客生信專用服務器系統的優勢

1、硬件:根據用戶的計算需求,我們可以提供從工作站到機架式服務器的各種硬件配置,且可以根據您的計算類型,合理配置CPU數目和內存大小,實現硬件資源的最優組合。

2、軟件:在基礎版中,根據用戶需求我們安裝了常用生信軟件;進階版中,我們將常用軟件封裝、串聯成分析模塊,通過單行命令即可完成很多常規分析內容,如基因表達量計算、突變檢測、基因功能注釋等,讓用戶開機即可開始生信數據的分析。

基礎版最低配置方案
組成單元 配置內容 單位 數量
塔式服務器
塔式服務器

(16核,64G內存,16T存儲)

T640塔式服務器具體配置如下:

–?2個因特爾至強?銀牌4110?CPU(8核/16線程,?2.1GHz,?9.6GT/s,?11MB?Cache)

–?4根16GB?DDR4-2666MT/s服務器內存

–?2塊600GB?10K?SAS?12Gbps?2.5英寸硬盤

–?4塊4T?7.2K?12Gbps?3.5英寸硬盤

–?PERC?H730P?RAID控制器?2GB?緩存

–?2個10Gb?網口

–?2個750W服務器電源

–?3年4小時上門服務(7*24*4)

1
顯示器
顯示器 DELL?U2417H?23.8英寸顯示器 0
集群系統軟件
操作系統 CentOS?Linux 1
編譯開發環境 GNU?C/C++編譯器
GNU?Fortran77/90編譯器
GNU?Debugger
并行環境 OpenMPI
生物信息常用軟件 20款生信軟件部署,支持用戶指定 1
生物信息常用數據庫 10個免費數據庫的下載及部署,支持用戶指定 1
維護
1年維護服務 包括每年2次系統巡檢,系統故障處理(工作日4小時響應) 1
總計

注:硬件價格變化快,以最終簽訂合同時為準

進階版最低配置方案
組成單元 配置內容 單位 數量
塔式服務器
塔式服務器
(16核,64G內存,16T存儲)
T640塔式服務器
具體配置如下:
–?2個因特爾至強?銀牌4110?CPU(8核/16線程,?2.1GHz,?9.6GT/s,?11MB?Cache)
–?4根16GB?DDR4-2666MT/s服務器內存
–?2塊600GB?10K?SAS?12Gbps?2.5英寸硬盤
–?4塊4T?7.2K?12Gbps?3.5英寸硬盤
–?PERC?H730P?RAID控制器?2GB?緩存
–?2個10Gb?網口
–?2個750W服務器電源
–?3年4小時上門服務(7*24*4)
1
顯示器
顯示器 DELL?U2417H?23.8英寸顯示器 0
集群系統軟件
操作系統 CentOS?Linux 1
編譯開發環境 GNU?C/C++編譯器
GNU?Fortran77/90編譯器
GNU?Debugger
并行環境 OpenMPI
生物信息常用軟件及分析模塊 轉錄調控工具包,26款;20款生信軟件部署,支持用戶指定 1
生物信息常用數據庫 10個免費數據庫的下載及部署,支持用戶指定 1
維護
1年維護服務 包括每年2次系統巡檢,系統故障處理(工作日4小時響應) 1
總計

注:硬件價格變化快,以最終簽訂合同時為準

可部署常用生信軟件
軟件類型 軟件名稱
基因組組裝相關軟件

abyss、ALLpath、Canu、dbg2olc、ECTools、falcon、HGAP、IDBA、intemap、Jabba、LoRDEC、MECAT

、PBSuite、pilon、Proovread、SOAPdenovo、Spades、trinity、velvet

基因組分析相關

AUGUSTUS、Circos、CRT、DIAMOND、EVM、Exonerate、GeMoMa、genBlastA、GENSCAN、GLEAN

、GlimmerHMM、GMAP、infernal、islandpath_dimob、Kraken、MEGAN、metaAnnotator、metaphlan、

PASA、phispy、prodigal、prokka、RepeatMasker、TransDecoder、TransGeneScan、tRNAscan、tRNAscan-SE

比較基因組軟件 Orthmcl、Muscle、PAML、phyml、MCScanX、nucmer、HGT_Finder、Mugsy、picrust
注釋相關軟件 blast2go、DIAMOND、InterProScan、kohgpi、Kraken、MEGAN、metaAnnotator、metaphlan
比對軟件

Blast、hmmer、blasr、bwa、daligner、Bowtie2、Blat、MECAT、genBlastA、bowtie2、GMAP、bwa

、tophat、hisat、bismark、ssearch36

系統發育樹軟件 MEGA、Phyml、RAxML、Exabayes、Mrbayes、figtree、splitstree、Phylip
分化時間分析 Paml、Beast2
群體歷史動態分析 psmc、msmc
基因流分析 Treemix、ANGSD、G-PhoCS、Migrate-N
高離散SNP篩選 BayeScan、LFMM、bayenv2
選擇清除分析 XP-CLR、XP-EHH、vcftools、PopGenome
LD分析 Haploview、Plink
ka/ks分析 Yn00、codeml
分子方差分析 Arlequin、poppr
全基因組關聯分析 plink2、Haploview、Admixture、EIGENSOFT、tassel、emmax、Fast-LMM
QTL定位軟件 R/qtl、QTL?Cartographer等
遺傳圖譜排圖軟件 MSTmap、Onemap
共表達分析 WGCNA等
轉錄組組裝 trinity2.4.0、cufflinks、stringtie
基因表達定量 rsem、miRDeep2、stringtie、cufflinks等
基因表達差異分析 DESeq、EBSeq、edgeR、MOABS
富集分析 topGO等
蛋白互作 blast
靶基因預測 RNAhybrid、miranda、targetfinder、LncTar等
聚類去冗余 cd-hit、tgicl
轉錄因子預測 iTAK等
circRNA預測 CIRI、find_circ、CIRCexplorer
lncRNA預測 CPC、CNCI、CPAT等
SNP分析 star、GATK、Samtools
CDS預測、SSR分析 transdecoder、MISA
APA分析 TAPIS
其它軟件

fastx_toolkit、flash、HiC-Pro、LACHESIS、lefse、MCScanX、MEGA、mothur、python、qiime、

R、samtools、sortmerna、stamp、trimmomatic、uclust、usearch

注:硬件價格變化快,以最終簽訂合同時為準

可部署生信分析模塊
轉錄調控工具包
(26款)
有參轉錄組分析流程 遺傳進化工具包,
(20款)
全基因組重測序分析流程 基礎工具包(22款) Circos繪制
lncRNA分類及對應基因注釋 外顯子分析流程 單因素曼哈頓圖
miRNA基因家族分類 Annovar變異注釋 繪制GO、KEGG分類富集圖
CPC編碼能力預測 BreakDancer?SV檢測 繪制差異基因MA圖
topGO基因功能注釋 CNVnator?CNV檢測 繪制差異基因火山圖
差異表達基因分析 GATK突變檢測 聚類熱圖繪制
蛋白基因家族分類 SNP位點引物設計 BLAST
共表達模式聚類分析 貝葉斯方法構建進化樹 SAM/BAM互換
基因功能注釋 蛋白序列同源分析工具 短序列比對工具bwa
加權基因共表達網絡分析 分化時間計算 根據ID列表提取fasta序列
保守序列預測 關聯區域分析 提取位點上下游定長序列
簡單重復序列分析 混池群體Fst分析 PCA分析
外顯子與內含子預測工具 基于admixture進行群體結構分析 相關性分析
信號肽預測 MEGA FastQC
轉錄因子注釋工具 遺傳共線性分析 數據預處理工具
…… …… ……

注:硬件價格變化快,以最終簽訂合同時為準

產品購買與部署

沒有定制化開發,用戶確定產品功能且硬件完成部署后,一個月內完成軟件部署和測試,并交付使用

如有定制化開發需求,根據具體需求確定周期

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